El interés ecológico de la marisma de la Pletera se centra en la presencia de lagunas costeras saladas con la correspondiente vegetación adaptada a estas condiciones de salinidad, y poblaciones de fartet (Aphanius iberus), pez endémico de la Península ibérica en peligro de extinción.

De todos modos, la marisma de la Pletera sufrió a finales de los años 80 la construcción incompleta de una urbanización que a principios de los años 90 fue abandonada. Fruto de esto, actualmente tenemos una marisma con un alto interés natural pero interrumpida por la presencia de un conjunto de barreras físicas que dificultan el correcto funcionamiento ecológico del conjunto de lagunas.

Paralelamente a la marisma, entre ésta y la línea de mar, se localiza una línea de dunas que actualmente se encuentra muy poco consolidada, hecho que condiciona la intrusión de arenas de playa hacia la zona de marisma, con el peligro que esto supone por una posible colmatación de las lagunas. Un sistema dunar de calidad no solamente es importante por la corrección de posibles dinámicas geomorfológicas sino también por el interés de las comunidades vegetales que se localizan.

La Directiva de hábitats define hábitat natural como aquellas zona, terrestre o acuática, diferenciadas por las características geográficas, abióticas y bióticas, tanto si son totalmente naturales como seminaturales. Son Hábitats de Interés Comunitario (HIC) aquellos que:

– Se encuentran amenazados de desaparición en su área de distribución natural
– Tienen un área de distribución reducido debido a la regresión de sus poblaciones
– Son ejemplos representativos al menos de una de las siete regiones biogeográficas en que se encuentra la UE, es decir, la alpina, la atlántica, la continental, la macaronésica, la mediterránea, la boreal y la panónica.
Por último, la Directiva define los HIC prioritarios, que son aquellos que están amenazados de desaparición en el territorio de la UE y que conservarlos supone una especial responsabilidad para la UE, debido a la importancia que tienen a escala mundial.
En el ámbito de la Pletera se  localizan los siguientes Hábitats de Interés Comunitario (HIC):
–    Lagunas litorales (código 1150). Hábitat de interés comunitario PRIORITARIO.
–    Comunidades de Salicornia  y otras plantas anuales, colonizadoras de suelos arcillosos o arenosos salinos (código 1310)
–    Matorrales halófitos mediterráneos y termoaltánticos  (Sarcocornetea fructicosae) (código 1420)
–    Prados y juncales halófitos mediterráneos (Juncetalia maritimi)
–    Dunas móviles embrionarias (2110)
–    Dunas móviles del cordón litoral, con borró (Ammophila enarenaría) (código 2120)
–    Dunas litorales fijadas, con comunidades de Crucianellion  maritimae (código 2210)
–    Dunas con prados anuales de los Thero-Brachypodietalia (código 2240)

La Directiva de hábitats designa las especies de interés comunitario (EIC) en los anexos II, IV o V, a pesar de que la inclusión de una especie en uno u otro anexo tiene implicaciones muy diferentes. Son especies que en su conjunto se caracterizan por:
– Estar en peligro, menos si el área de distribución se extiende de manera marginal a la UE y no están amenazadas ni son vulnerables en el área del paleártico occidental.
– Son vulnerables, es decir, que el paso a la categoría de las especies en peligro se considera probable en un futuro próximo en el caso de mantenerse los factores que ocasionan la amenaza
– Son raras, es decir, que las poblaciones son de pequeño tamaño y que, sin estar actualmente en peligro ni ser vulnerables, podrían estarlo o serlo en un futuro próximo.
– Son endémicas y requieren especial atención debido a la singularidad de su hábitat y/o de las posibles repercusiones que la explotación pueda tener en la conservación de la especie.
La Directiva define, de entre las especies del anexo II, las especies prioritarias, la conservación de las cuales supone una especial responsabilidad para la UE debido a la importancia que tienen a escala mundial.
La especie presente en el área y que se encuentra en grave peligro de extinción es el fartet (Aphanius iberus), pez endémico de la península ibérica que vive principalmente en zonas de marisma, en aguas con salinidad elevada. El desecado de estos espacios a lo largo de la historia y la regresión reciente de las zonas húmedas para dar lugar a usos urbanísticos y turísticos, son los principales motivos que han propiciado la regresión de las poblaciones de este pez. A la Pletera existía un único núcleo de población de fartet (Aphanius iberus) a la laguna de Fra Ramon. Con el proyecto LIFE 99/NATO/E/00638 se incrementaron los núcleos de población con la creación de nuevas lagunas.